Una chuletilla de ejemplo para tener a mano como se leen enteros de la entrada de linea en Java.

import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;

/**
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 * @author Saiyine
 */
public class PedirEnteros
{

    public PedirEnteros()
    {
    }

    public int obtener()
    {
        String linea = null;
        int val = 0;
        try
        {
            BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
            linea = is.readLine();
            val = Integer.parseInt(linea);
        } catch (NumberFormatException nfex)
        {
            System.err.println("No es un entero: " + linea);
        } catch (IOException ioex)
        {
            System.err.println("Error de entrada salida: " + ioex);
        }
        return val;
    }

    public static void main(String[] args)
    {
        PedirEnteros pe = new PedirEnteros();
        int entero1 = pe.obtener();
        int entero2 = pe.obtener();
        System.out.println(entero1);
        System.out.println(entero2);
    }
}

A petición de un comentario, aunque es sencillisimo.