Hay mil maneras de hacer que un programa se ejecute en el arranque. Por ejemplo, las knoppix instaladas en disco duro (y por extensión, imagino que todas las debian) tienen un fichero donde el administrador puede incluir comandos para ejecutar antes de que el sistema le de el control a los usuarios. Este fichero es el /etc/init.d/bootmisc.sh. Cualquier comando que añadamos a este fichero se ejecutara (ojo, con derechos de root) al arrancar el sistema.