Para cambiar el tamaño de un .gif animado en la linea de comandos de linux con los programas de imagemagick hay un pequeño truco.

No podemos cambiar el tamaño de la manera habitual, con un simple resize, porque eso solo le cambia el alto y el ancho a la primera imagen de la animación, resultando en un efecto bastante pobre. En vez de hacerlo directamente, primero debemos preparar el .gif con el comando coalesce, y despues cambiarle el tamaño al fichero resultado de la manera habitual.

convert animacion.gif -coalesce temporal.gif
convert temporal.gif -resize '50%' pequeña.gif

Y de regalo, como reducir a una cuarta parte todas las animaciones de una carpeta:

for imagen in *.gif; do convert $imagen -coalesce temporal.gif; convert temporal.gif -resize '50%' peque-$imagen; done